Проглашена аутокефалност Српске православне цркве, са седиштем у манастиру Жича, коју је код никејског цара Теодора I Ласкариса и васељенског патријарха Манојла I Харитопула издејствовао Свети Сава (световно име Растко Немањић) потом први српски архиепископ. Цар Душан је 1346. уздигао српску цркву у ранг патријаршије.
Свети Сава (Растко Немањић) је 1219. године рукоположен од стране цариградског патријарха Манојла I за „архиепископа српских и приморских земаља“, а српска црква добија аутокефалност и достојанство архиепископије. Од тада се српски архиепископ бирао и посвећивао у српској земљи.
Оснивању Српске архиепископије огорчено се супротставио охридски архиепископ Димитрије Хоматијан, али без успеха. На територији данашње Македоније, хришћанство је познато још од времена апостола Павла. Од 4. до 6. века Охридска архиепископија је наизменично зависила од Рима и Цариграда. Крајем 9. и почетком 11. века је имала аутокефални статус, као архиепископија, а затим и као патријаршија, с центром у Охриду.
Српска архиепископија постојала је све до 1346. године. Како је земља била без градских насеља, епархијска средишта су била у манастирима. Средиште архиепископије је било у манастиру Жича, а од 1253. године у Пећи— Пећка архиепископија.
Стварањем Душановог царства, Српска архиепископија је уздигнута на достојанство патријаршије године 1346. на црквеном сабору у Скопљу. Српски архиепископ Јоаникије II је уздигнут на ранг патријарха, а том свечаном чину су присуствовали бугарски патријарх, охридски архиепископ, српски епископи и светогорско монаштво. Средиште српског патријарха се налазило у Пећ и због тога је патријаршија названа Пећка патријаршија. Године1350, Цариградска патријаршија је реаговала анатемом и одлучењем од Цркве српског цара, патријарха и народа. Услед тога је настао раскол који је трајао све до 1375. године.
У унутрашњем црквеном развитку није било значајнијих промена. Патријарх је, попут цара, носио титулу„патријарха Срба и Грка“, а патријаршија је добила положај и привилегије по узору на Цариградску патријаршију. Основано је неколико нових епископија, а неколико епископија је уздигнуто на ранг митрополије.
Са османским провалама настају тешка времена за Српску патријаршију. Многи средњовековни српски манастири су запустели или им се чак губи траг због турских разарања. Падом Србије под турску власт 1459, тадашња Пећка патријаршија је била укинута, а затим је обновљена 1557. године. Нестанком српске државе, српска црква постаје уз верски и национално-политички центар српског народа. Црквени поглавари постају и народне вође — етнарси. Основна функција етнарха састојала се у прикупљању пореза намењених султану и централним органима царевине. У време патријарха Макарија Соколовића (1557—1571) јурисдикција патријаршије покрива широку територију од Охрида до Будима. Црквени поглавари су подизали или подржавали многе буне против османлијских власти. Све ће то уродити укидањем српске патријаршије од стране султана Мустафе III 1766. године.
Од 1766. године српска црква потпада под јурисдикцију Цариградске патријаршије, а већину епископа чинили су Грци — Фанариоти. Велики број Срба је емигрирао на подручје Аустрије, а катедра архиепископа пећког је била премештена из Пећ у Сремске Карловце, а затим је 1848. године уздигнута на ранг патријаршије.
Након успоставе српске аутономије 1832, у Београду је била проглашена аутономна митрополија под јурисдикцијом Цариградске патријаршије, а 1879. године је добила аутокефалност.
У току балканских ратова (1912—1913) у састав Београдске митрополије су ушле и епархије: Скопска, Велешко-дебарска и Призренска.
Све до 1920. године не постоји јединствена црквена организација код Срба и тај период у историографији се назива добом постојања покрајинских цркава. Најзначајнија од свих покрајинских цркава била је Карловачка митрополија са седиштем у Сремским Карловцима.
Стварањем Краљевине Срба, Хрвата и Словенаца (1918) створени су услови и за црквено уједињење, односно обнову Пећке патријаршије. Од 1920. године средиште српске цркве је у Београду, а црква има достојанство патријаршије. Цариградска патријаршија је убрзо признала уједињење покрајинских српских цркава и стварање патријаршије посебним томосом.
