Свети Јоаникије рођен је од побожних српских родитеља благороднијег порекла у околини Призрена. Да је Јоаникије био врло способан и обдарен види се из тога што га је тадашњи српски Краљ Стефан Душан узео на свој Двор за свога логотета. Попут великих светитеља Божјих и јерараха Цркве Христове - Тарасија, Никифора, Фотија и осталих, и овај свети би изабран из редова лаика и брзо прође све монашке и свештеничке чинове. Када премину тадашњи архиепископ Српски Данило II, би сазван црквени сабор на коме за Архиепископа би изабран Јоаникије, и тако би хиротонисан за архиепископа на престолу Светога Саве 3. јануара 1338. године.
Као архиепископ, свети Јоаникије II је радио на добро Цркве Божје и на спасење своје Богом поверене му пастве. Тадашњу првопрестолну цркву у Пећи, коју подигоше архиепископи Никодим и Данило, он даде украсити дивним иконама и фрескама и свим осталим потребним стварима.
У то време српски Краљ Стефан Душан освојио је многе грчке крајеве на југу и веома проширио српску земљу, те због тога реши да се прогласи за Цара. Притом он одлучи да и српског Архиепископа саборски узвиси на степен Патријарха, јер изузетно поштоваше светог Архиепископа Јоаникија и велику му част указиваше. Тако једном приликом у Приштини, када тамо Душан дочекиваше грчког владаоца Јована Кантакузена и за ту прилику дође позван и архиепископ Јоаникије, сам Краљ прихвати на своје руке ногу светог архиепископа, док овај сјахиваше са коња, и смирено га целива у руку просећи од њега благослов.
После овога је свјатјејши патријарх Српски Јоаникије помазао (на Васкрс 1346. године) краља Душана за цара свих Срба, Албанаца и Грка, а ускоро затим (на Спасовданском сабору у Скопљу 1349. године) заједно са њим донео је многозначајни српски Законик, којим је узакоњено српско царство, и правда и поштење у њему, и "свака правила светих и божанствених цркава". Против свега овога ништа нису рекли тадашњи патријарси у Цариграду.
На месту првојерарха српске цркве Свети Патријарх Јоаникије провео је 14 година. У јесен 1354. године приближи се и кончина земаљског живота Светог Патријарха. Када нападоше са севера на српско царство Угари (то јест Мађари), Цар Душан устаде и крете на њих. Дошавши у пределе светог манастира Жиче, он посла да му из Пећи дозову у Жичу свјатјејшег Патријарха Јоаникија да са њим нешто проговори о црквеним и државним стварима. Но када свети патријарх стиже у Жичу, он се ту брзо разболе, и по својој жељи би понесен онако болестан у своју патријаршију у Пећ. Но он тамо не стиже, јер још на путу издахну и предаде душу своју у руке Господа свога. О таме се овако каже у споменутом животопису краљева и архиепископа Српских:
"После неког времена, ђаво, исконски завидник рода човечијега, подиже рат и завист међу царем Стефаном (Душаном) и угарским краљем. И кад је цар Стефан стао на Пакларима (код Рудника) са свима својим војскама, написа и замоли патријарха да дође у Жичу. И кад је патријарх дошао у Жичу, после мало дана упаде патријарх у неисцељиву болест. И сам заповеди да га дигну и однесу у Пећ. И када се тада сабрао сав сабор жички, узеше патријарха и понеше га; и кад је био ношен, престави се на путу у Полумиру у Сутесци (код данашњег Ушћа на Ибру). И кад је био донесен у Пећ, би положен у гроб (који сам себи беше назначио). И поживе он у светитељству на престолу Светога Саве шеснаест година и осам месеци, и у миру усну у Господу, месеца септембра у трећи дан, у шести час ноћу (године 1354.)".
Тело Светог Патријарха Јоаникија положено би у средњу цркву Пећке патријаршије, тамо где се оно и до данас налази (то јест у цркви Светих Апостола). Изнад његовог светог гроба насликана је на зиду фреска која изображава његово чеоно уснуће у Господу.
